Hodně důležitá je jeho přiměřená koncentrace, i tak ale může v bazénech a vířivkách způsobovat alergie pokožky, astma a záněty průdušek, ale i gynekologické potíže. Ne náhodou by neměly například těhotné ženy navštěvovat veřejné plovárny s chlorovanou vodou. Ovšem v tomto případě nejde zdaleka jen o chlór, ale i o riziko infekce a zdravotních problémů v těhotenství.Každopádně platí, že chlór lze považovat za jed jen ve vyšších koncentracích. Pokud je jej v bazénu přiměřené množství a pokud je ve volném stavu, neměl by plavcům nijak vadit. Pokud je však již ve vodě příliš cítit, znamená to, že se navázal na částečky potu, kosmetických přípravků apod. a vytvořil takzvané chloraminy. Tedy škodlivé sloučeniny, které způsobují nepříjemné symptomy (pálení očí, zarudnutí pokožky apod.). Tvorbu chloraminů však lze eliminovat. Především je třeba udržet pH bazénové vody na hodnotách 7,1 až 7,5. Pokud by bylo pH nižší, znamená to, že je bazénová voda kyselejší právě vlivem sloučenin chlóru, které obsahuje. Pokud by bylo pH naopak zásadité (vyšší), chlór obsažený ve vodě pozbývá na účinnosti a ta se kalí. Běžně se pH bazénové vody zjišťuje pomocí testovacích proužků, prodávají se také kapičkové testery vody. A jestliže zjistíme, že pH bazénové vody není v pořádku, je třeba zakoupit přípravek, který pH vody upraví. Tyto přípravky se prodávají v tekuté podobě či v podobě granulí (např. přípravky pojmenované "pH plus" a "pH minus"). Co se týká chlóru, je třeba počítat s jeho vyprcháváním z vody na vzduchu a zastřešené bazény je proto třeba dostatečně větrat. Chlór lze z vody navíc částečně mechanicky odbourávat jejím provzdušňováním (vzduchové trysky či vodotrysk). Na druhou stranu ale můžeme spotřebu bazénové chemie omezit UV lampou (tzv. germicidní lampou), která se instaluje na výtlakovou stranu bazénové filtrace. UV záření ničí choroboplodné zárodky v cirkulující (filtrované) vodě, o všemocný „lék“ však nejde. Dovede ale snížit spotřebu chlóru až o 70 procent. Vázanému chlóru se ale naprosto vyhneme, pokud si pořídíte solonizační jednotku, čili nasypeme do bazénu bazénovou sůl. Solonizační jednotka uvolní do bazénové vody plynný chlór, který je obsažen v soli, tedy chloridu sodném). Tento chlór pak nedráždí pokožku, oči ani dýchací ústrojí, přitom udrží vodu dokonale čistou. Slaná voda je však o dost agresivnější než voda chlorovaná, proto je třeba mít bazén z takových materiálů a osazen takovými doplňky, které jí dovedou odolávat. Zajímavým řešením, vlastně novinkou, jsou takzvané biobazény, jejichž vodu čistí čerpadlo s biofiltrem. Na tomto filtru tvoří nečistoty a bakterie takzvaný biofilm, který pak musíme pravidelně mechanicky odstraňovat. Do systému přitom musíme pravidelně doplňovat speciální hnojiva obsahující dusík. Pokud však máme na zahradě dostatek místa, můžeme investovat do koupacího jezírka. A to představuje takové prostředí, ve kterém přebírají čistící funkci vodní rostliny vysazené v mělké vodě, takzvané příbřežní zóně. Jde o řešení nákladnější, pracnější na údržbu, ale na 100% přírodní, které vychází z principu rybníků. „Příbřeží“ rybníků zabírá poměrně velkou plochu a je hustě zarostlé vodními rostlinami.
